苹果果锈是由不良的外界条件引起的一种生理性病害，主要表现在果实的表皮。
果实很小时，角质层很薄，蜡质层尚未形成，保护能力较差。果实快速生长时表皮细胞迅速膨胀，常引起角质层出现龟裂；或因外界不良因素使角质层破坏，使表皮细胞失去保护屏障而受伤害，导致细胞栓质化死亡而产生果锈。
在外界不良因子的刺激下，气孔保卫细胞也会死亡而失去对气孔的调节功能，于是在气孔下方产生一堆木栓化细胞，并向上隆起，时常胀裂气孔，形成大而粗糙、颜色变深的皮孔，皮孔木栓化常与果锈相伴发生，引起果面进一步粗糙。
1.果皮和果皮上的角质层产生微小龟裂。
锈状物是当果皮因某种原因而发生微小龟裂时，果实为保护其伤口，由部分皮下细胞转化为木栓形成层，而产生木栓化细胞的结果。果皮龟裂的原因：一是在盛花后2-3周，幼果表皮毛脱落，在脱落处未形成角质层以前，水分易由此接触果面，加大该处细胞的膨压，引起幼果表皮破裂；二是果皮不适应果肉的发育，导致角质层和果皮的龟裂。
2.不良因素刺激。
多数研究者认为果实表皮的角质层受损发生龟裂时，果实外层细胞暴露，在外界不良因素的刺激下，产生木栓组织而形成果锈。也有人认为果皮角质层完好的情况下，由于果实外层细胞受到外界因素(低温、阴雨及不适宜的喷药)的刺激，而发生不正常的分裂增殖，产生木栓组织顶破角质层而形成锈斑。由此可见，果锈的发生具有2个不同的过程，一是角质层先龟裂而后产生果锈，二是先产生果锈而后顶破角质层。
1.品种
不同品种发生果锈的成都有很大差异，较轻的品种有元帅、红星、富士等；中等生锈的品种有秦冠和国光等；生锈较重的有黄元帅、华冠等，其中尤以黄元帅果锈发病最重。果皮的结构对果锈的产生有很密切的关系，果锈发生重的品种一般表皮间隙多，壁薄而细胞大，果面的角质薄，排列疏松，下皮细胞排列松散。
2.气候
果锈在春季发生的气候环境为低温高湿的条件。一般来说，在果锈发生敏感期的各种气象因素中，果锈的发生受降雨量的影响不明显，而受空气相对湿度、气温、降雨日数等影响较大，其中又以收到降雨日数的影响最大。在春季降雨日数持续时间长时，果面与水接触的时间也长，导致果锈的严重发生。雨后或喷药后低温高湿的环境不利于水分的蒸发，也会延长果面与水接触的时间，另外空气中的相对湿度高还会对果实蜡质层的生成产生阻碍作用，进而有利于木栓层的形成。
3.环境
石灰厂、小型水泥厂等，由于燃料排除的废气和工厂跑漏的毒气，还有省道、县道纵横交错，汽车排放尾气，灰尘飞扬，这些都会造成果面的污染和损伤，导致果面上果锈发生严重。
4.机械损伤
大风或人走过致使叶片或果袋摩擦果实；或人工损伤疏果或修剪时剪刀碰伤幼果；或其它机械原因使幼果表皮细胞外露坏死，加重果锈发生。
5.农药
在苹果的幼果期喷施尿素、硫制剂、铜制剂、渗透剂、劣质增效剂与乳油剂、农用粘着剂、易生成沉淀的代森锰锌等可湿性粉剂及一些有机磷农药，易导致果锈的加重发生；另外，苹果果锈的发生还受到喷药操作技术的影响，喷头离果面太近、喷涌浓度高、雾化不好、喷雾压力等都可导致果锈的加重发生。
6.栽培管理
若果实营养缺乏，对不良环境的抵抗力弱，因此果品在栽培管理中的营养水平也是影响苹果果锈发生的关键之一；若氮肥的使用量大，有机肥使用量少，则易导致果皮薄、果梗脆嫩，进而降低苹果的抵抗力；果锈的发生还受到果台留果多少的影响。因留果过多，果间存在养分竞争，致使其营养缺乏，进而引起果品的发育不良，一般来说果台留果越多，果锈发生越重；若在对果树进行修剪时留枝量过大，易导致树冠郁蔽，林间通风透光性差，则果锈发生重；另外，在果树生长势衰弱时，若环剥较重，易导致果树的生理失调，使果锈发生严重。
7.其他因素
果袋质量不过关，柔韧性差，疏水性差，透气性差；药剂或露水未干就套袋；病虫害发生危害后引起果锈；所用的果袋破裂渗水或者封口不严，使萼洼和梗洼长时间积水，也是套袋果果锈加重的一个重要原因。
冻锈 -- 严重了会形成霜环病果。
药锈 -- 呈褐色，由许多小粒点组成的不规则条状或块状，手感较粗糙。
水锈 -- 成深褐色，多发生于果柄周围，手感较光滑，梗洼低深的地方锈斑越密，色泽也越深。
只能预防果锈的产生，无法治疗果锈。
1.均衡施肥。避免偏施氮肥；注意补充中微量元素，以增强果实的抗逆能力，增强抗病性。
2.栽培管理。合理修剪或间伐，解决果园郁闭问题，增强通风透光性。花期防低温冻害，幼果期预防干旱天气，及时补充树体水分。尽量选择优质果袋，待果面药液充分晾干后再套袋，不带露水和雨水套袋，袋口一定要扎紧。合理负载。远离污染区建园。人工作业时避免损伤果面。
3.安全用药。尤其落花后及幼果期套袋前，药剂尽量选择悬浮剂、水剂等作为主要剂型；同时避免使用铜制剂、有机磷类、乳油类、溶解不完全的粉剂等产品。施药过程中，要求喷头离果面距离要适当，雾化效果要好，喷雾压力要适中，以减轻药液对幼果果面的刺激。
4.提前套袋。果锈发生严重的区域，可适当提前套袋，避免雨水和药液对幼果的刺激。
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